قالت الأستاذة نجاة اليعقوبي اليوم 10 جانفي 2019 خلال ندوة صحفية  إنّ قاضي التحقيق وجّه تهمة القتل العمد لمصطفى خذر مع إضافة 22 تهمة أخرى، في قضيّة اغتيال الشهيد محمّد البراهمي بعد أن ظهرت أدلّة جديدة في جريمة الاغتيال.

كما تمّ اتهامه بتكوين وفاق لارتكاب جرائم إرهابية والاعتداء على أمن الدولة الداخلي.

كما قالت الأستاذة نجاة اليعقوبي إنّه تمّ الحصول على وثائق ومعطيات خطيرة في الغرفة السوداء بوزارة الداخلية من بينها وثائق تؤكّد  وجود تعليمات بضرورة مرافقة محمّد العوادي الذي كان مسؤولا عن الجهاز الأمني لتنظيم أنصار الشريعة الإرهابي الى حين وصوله الى خارج البلاد، وتكون مرافقته أمنيا، كما أكّدت  وجود وثائق تكشف علاقة مصطفى خذر بعامر البلعزي الذي قام بإخفاء السلاح المستعمل في جريمتي الاغتيال الذي تمّ رميه في البحر.

كما تمّ حجز مراسلات اعترف فيها مصطفى خذر بأنّه وجّهها الى وزارة الداخلية تضمنت تحركات بوبكر الحكيم المتورّط في اغتيال محمّد البراهمي قبل ثمانية أيام فقط من الاغتيال واختفائه في منزل لا يبعد أكثر من 300 متر من منزل الشهيد.

من جهة ثانية قال  الأستاذ رضا الرداوي عضو هيئة الدفاع عن الشهيدين شكري بلعيد ومحمّد البراهمي إنّ المحامين اكتشفوا أنّ النيابة العمومية أوقفت كلّ الإجراءات والتساخير التي كانت تقوم بها الوحدة الوطنية للبحث في جرائم الإرهاب بالعوينة في قضيّة الجهاز السرّي لحركة النهضة.

وقال إنّ النيابة العمومية ممثلة في شخص البشير العكرمي وكيل الجمهورية بالمحكمة الابتدائية بتونس، ترفض فتح بحث تحقيقي في قضيّة الجهاز السرّي.